- Desde 1951, sectores cívicos-militares antiperonistas habían llevado a cabo actos terroristas a través de los denominados «comandos civiles».
El 16 de Junio de 1955 los comandos civiles, integrados por conservadores, radicales y socialistas, junto con la Marina de guerra y sectores de la Iglesia católica intentaron un golpe de Estado que incluyo el bombardeo de la plaza de Mayo y el centro de la Ciudad de Buenos Aires con más de 364 muertos y centenares de heridos. El ataque se produjo con más de 20 aparatos de la aviación naval,cerca del mediodía sobre la multitud que estaba ese día en la manifestación. Luego de los ataques Perón pidió calma, pero algunos peronistas fueron a destruir algunas iglesias, porque en los aviones estaba escrito "Cristo vence" y se dieron cuenta que la iglesia tenía algo que ver. El ejercito instaló tanques y baterías antiaéreas para proteger a Perón, por lo que los insurgentes se les ordenó atacar a los miembros del ejercito y a los civiles que apoyaban a Perón.
El 16 de Septiembre de 1955 las Fuerzas Armadas derrocaron a Perón, con el apoyo de Estados Unidos y Gran Bretaña. La CGT, sectores del peronismo e incluso sectores de opositores a Perón fueron a reclamar armas para impedir la toma del poder por los militares, pero Perón se las negó, para evitar una Guerra Civil y se fue temporalmente, mejor dicho se exilió en Paraguay. Finalmente se instaló en Madrid, en el barrio residencial de Puerto de Hierro. Allí se casaría con la bailarina María Estela Martínez de Perón, Isabela, a quien había conocido en Panamá en el año 1956.